Rabu, 04 Januari 2012

KIMIA KOMPUTASI MENURUT MAE

Kimia komputasi adalah cabang kimia yang menggunakan hasil kimia teori yang diterjemahkan ke dalam program komputer untuk menghitung sifat-sifat molekul dan perubahannya maupun melakukan simulasi terhadap sistem-sistem besar (makromolekul seperti protein atau sistem banyak molekul seperti gas, cairan, padatan, dan kristal cair), dan menerapkan program tersebut pada sistem kimia nyata. Contoh sifat-sifat molekul yang dihitung antara lain struktur (yaitu letak atom-atom penyusunnya), energi dan selisih energi, muatan, momen dipol, kereaktifan, frekuensi getaran dan besaran spektroskopi lainnya. Simulasi terhadap makromolekul (seperti protein dan asam nukleat) dan sistem besar bisa mencakup kajian konformasi molekul dan perubahannya (mis. proses denaturasi protein), perubahan fasa, serta peramalan sifat-sifat makroskopik (seperti kalor jenis) berdasarkan perilaku di tingkat atom dan molekul. Istilah kimia komputasi kadang-kadang digunakan juga untuk bidang-bidang tumpang-tindah antara ilmu komputer dan kimia.
Menurut saya, dengan adanya kimia komputasi atau komputasi didalam kimia adalah sesuatu yang sangat berguna untuk mahasiswa kimia khususnya, karena dapat mempermudah mahasiswa dalam melakukan penelitian kelak. Kemajuan zaman yang semakin berkembang saat ini menuntut mahasiswa untuk memiliki keterampilan lebih, terutama pada bidang teknologi dalam menjalankan suatu program komputer. Disinilah peranan kimia komputasi sangat-sangat berperan, salah satu contohnya adalah mahasiswa dengan mudahnya dapat mengidentifikasi suatu senyawa yang berada didalam suatu tanaman dan bisa mengetahui apakah tanaman tersebut bisa dijadikan suatu obat atau tidak dengan mengetahui senyawa-senyawa yang berada didalamnya. Hal ini sangat-sangat menakjubkan sekali, bayangkan saja jika semua penyakit bisa ditemukan obat-obatnya. Oleh karena itu, kimia komputasi harus terus dinamis mengikuti perkembangan zaman karena sangat berguna bagi orang banyak.

Link yang Berhubungan dengan Kimia Komputasi


Link yang berkaitan dengan materi Computational Chemistry (Kimia Komputasi)


01. Wikipedia02. Virtual Comput. Chemistry
03. Computational Chemistry List04. SPU
05. Periodic Table of Element06. ChemiCool (SPU)
07. Online Chemistry Calculator08. Creative Chemistry Calculator
09. www.chemie.fu-berlin.de10. Konstanta Fisik
11. www.physlink.com12. Newton.ex.ac.uk
13. www.educypedia.be14. britneyspears.ac/physics
15. Convert Molecular Format16. Chemical Tools
17. Basis Set Form18. RPM Source
19. Download Kimia20. Software Kimia
21. Software Kimia22. Powerpoint Chemistry
23. Software Modelling24. Download Avogadro
25. Download Arguslab26. Download ChemAxon
27. Download ChemSketch28. Download Software
29. Search Structure30. Download Software
31. Chemistry Resources32. Middle School Science
33. Aplikasi Chemistry for linux
35. Freewar e Chemistry 
37. Sofware Quantum Mechanics
39. Youtube Komputasi

41. IUPAC Transactions
43. Teori Orbital Molekul
45. Internet Chemistry
47. Comchem for Educator
49. Commercial Software
51. Editor Molekul
53. VSEPR
55. MM with HyperChem
57. ACS Publication
59. MM with Gaussian
61. Instruksi GaussView
63. Molecular Model for Organic
65. Konversi Z-Matrik to Cartesian
67. Energy Units Converter
69. Draw and Search
71. Software Kristalografi
73. MathMol Home Page
75. MM Software
77. Molecular Docking
79. Facio

Sumber :
http://kasmui.blog.com/komputasi/

Menggambar Struktur Lewis Menggunakan ChemSketch

Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul.
Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch.
Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.
Cara menggambar struktur Lewis:
  1. Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch
  2. Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows
  3. Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.
  4. Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi
  5. Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy
  6. Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.
  7. Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi
  8. Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.
Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch?
Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada.
  1. Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.
  2. Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template…
  3. Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu.
  4. Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.

sumber :

http://urip.wordpress.com/2010/11/05/menggambar-struktur-lewis-menggunakan-chemsketch/

JChemPaint


JChemPaint (atau JCP) adalah editor dan viewer untuk struktur kimia 2D dikembangkan menggunakan CDK. Hal ini diimplementasikan dalam beberapa bentuk: aplikasi Java dan dua varietas Java applet.
 
JChemPaint Editor applet
  • Sebuah applet adalah program Java yang berjalan hanya dalam halaman web.
  • Editor JCP memungkinkan pengguna untuk menggambar struktur kimia, dan untuk impor dan ekspor data struktur dalam plain-text format (SMILES, Molfile, CML)
  • Hal ini juga memungkinkan untuk pemrograman memuat dan menampilkan struktur kimia, yang kemudian dapat diedit oleh pengguna.

Untuk demonstrasi, kelompok Steinbeck (EBI) host berbagai rilis dari applet. Anda dapat mencoba
stable relase
disini, or lihat development version

Sebuah snapshot dari applet rilis 3.0:
 
Untuk mempelajari cara memasukkan dan menggunakan applet dalam halaman web, lihat JChemPaint Inside Webpages.



JChemPaint Viewer applet

  • (Sebuah applet adalah program Java yang berjalan hanya dalam sebuah halaman web.) 

  • Penampil JCP hanya memungkinkan untuk pemrograman menampilkan struktur kimia, dimana pengguna tidak dapat memodifikasi. 

 

Untuk mempelajari cara memasukkan dan menggunakan applet dalam halaman web, lihat JChemPaint Inside Webpages

JChemPaint application 

  • Aplikasi adalah program yang berdiri sendiri. Perlu Machine Java yang terinstal Virtual untuk operasi. 
  • Aplikasi JCP memiliki semua fungsionalitas dari applet Editor JCP (lihat di bawah), ditambah file input dan output.
Berikut screenshot dari rilis 3.0:
 


Features 

  • Menggambar dan penghapusan ikatan tunggal, ganda, rangkap tiga.
  • Cincin template (3-8 atom) dengan satu-klik lampiran.
  • Sebuah perpustakaan dengan template yang luas.
  • Pewarnaan jenis atom, dan pengaturan rendering lainnya.
  • Mengedit no atom, isotop hidrogen dan menghitungnya.
  • Memuat dan menyimpan struktur di Kimia Markup Language (CML) dan sebagai file MDL MOL dan file SDF (loading saja).
  • Struktur Tata Letak Otomatis, juga dikenal sebagai Generasi Struktur Diagram.
  • Memuat struktur dari Internet menggunakan nomor CAS atau NSC.
  • Normalisasi struktur, saat ini terbatas untuk deteksi aromatisitas.
  • Menyimpan gambar bitmap dari struktur.
  • Struktur Menyimpan sebagai grafis (PNG, BMP, Scalable Vector Graphics (SVG)).
  • Postscript pencetakan. 

sumber: http://sourceforge.net/apps/mediawiki/cdk/index.php?title=JChemPaint